La sua storia è legata alla presenza in città, fin dal IX secolo dei benedettini, i quali nella stessa zona dell'attuale monastero fondarono un cenobio dove, nel 902, trasferirono il corpo di S. Severino e, dopo qualche tempo, le reliquie di S. Sossio ritrovate a Miseno.

Il suggestivo e appartato chiostro detto Atrio del Platano, la parte più antica del monastero, prende il nome dall'albero che - secondo la leggenda - sarebbe stato piantato da S. Benedetto; presenta ilciclo di affreschi rinascimentali più completo della città, raffiguranti episodi della vita del Santo, e ultimato nel 1515 da Antonio Solario detto lo Zingaro. Altri chiostri sono: il Primo Atrio, corrispondente all'ingresso originario, l'Atrio Capasso, dedicato al soprintendente agli Archivi e famoso erudito napoletano e infine l'Atrio dei Marmi, detto così per il materiale adoperatovi, iniziato nel 1598 e completato nel 1623, esso rappresenta una delle tappe del programma di rinnovamento del monastero durante il Rinascimento. Qui si aprono anche le Sale monumentali: quella delCapitolo dei monaci, ora Sala Catasti, affrescata con parabole, figure allegoriche e scene del Vangelo da Belisario Corenzio agli inizi del '600, ed il Refettorio, ora Sala Filangieri, con il grande affresco che rappresenta l'episodio evangelico della moltiplicazione dei pani e dei pesci e l'allegoria della fondazione dell'ordine benedettino, anch'esso opera del Corenzio. Apre sull'Atrio dei marmi anche la piccola, ma suggestiva Sala Tasso, la cui denominazione ricorda il soggiorno del poeta nel monastero benedettino.

Con la soppressione, avvenuta nel 1799 per sospette simpatie dei monaci nei confronti delle idee rivoluzionarie, il monastero fu destinato a molteplici usi, tra cui quello di sede dell'Accademia di Marina. Degne di rilievo sono anche le belle sale del quarto piano dell'ala dell'edificio destinata agli uffici: la Biblioteca, la Scuola di Paleografia, Archivistica e Diplomatica e la Sala Diplomatica

Pregevoli arredi lignei caratterizzano l'ampio locale, che ospita l'Archivio Farnesiano e quello delMinistero degli affari esteri, e la monumentale sala detta della Farmacia, caratterizzata da scaffali intarsiati e da un bella pavimentazione.